维生素B12缺乏症的病因

仙人掌、全麦[需要消歧义]、糙米、海藻（尤以绿藻、螺旋藻、紫菜、海带为甚，惟当中部份系伪B12）、苜蓿芽、小麦草、米糠、雏菊、香菇、大豆与泡菜。
各种发酵豆制品与酵母衍生食物，例如味噌、腐乳、豆豉、无酵母啤酒、未经高温油炸处理之臭豆腐等含活酵母之食品。
个别肉[需要消歧义]、奶、蛋食材。
内因子缺乏导致的选择性维生素B12吸收障碍。内因子缺乏的原因可能是慢性萎缩性胃炎导致胃体部壁细胞减少、胃大部切除术或者遗传性的内因子合成障碍。
消化吸收不良综合征所导致的维生素B12吸收障碍。包括末端回肠（维生素B12的主要吸收部位）损伤，比如外科手术、胃酸缺乏（ 包括药物，比如质子泵抑制剂所导致的胃酸缺乏）以及肠道菌群过度生长（比如盲袢综合征）.
慢性消化道阔节裂头绦虫（Diphyllobothrium）感染，可竞争性抑制人体对维生素B12的吸收和利用。该病主要发生于斯堪的纳维亚半岛，以及东欧的某些地区.
糖尿病治疗药物。二甲双胍可能会影响B12的吸收效率。
遗传性因素，比如亚甲基四氢叶酸还原酶缺乏症，高胱氨酸尿症，转钴胺素缺乏症。
某些研究发现贾第虫病（giardiasis）或者类似的寄生虫感染引起的胃肠道吸收障碍可能是维生素B12缺乏的原因之一。